Die Generaldirektion und Zentralverwaltung der Staatlichen Naturwissenschaftlichen Sammlungen Bayerns verwaltet folgende Institutionen:
Bayerische Staatsammlung für Paläontologie und Geologie (BSPG)
Botanischer Garten München-Nymphenburg (BGM)
Botanische Staatsammlung München (BSM)
Geologisches Museum München (GMM)
Mineralogische Staatssammlung München (MSM)
Museum Mensch und Natur (MMN)
Museum Mineralogia München (MMM)
Naturkunde-Museum Bamberg (NKMB)
Paläontologisches Museum München (PMM)
Rieskrater-Museum Nördlingen (RKM)
Staatssammlung für Anthropologie München (SAM)
Staatssammlung für Paläoanatomie München (SPM)
Urwelt-Museum Oberfranken (UMO)
Zoologische Staatsammlung München (ZSM)
sowie
IT Zentrum der Staatlichen Naturwissenschaftlichen Sammlungen Bayerns
