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Die Generaldirektion und Zentralverwaltung der Staatlichen Naturwissenschaftlichen Sammlungen Bayerns verwaltet folgende Institutionen:

Staatssammlung für Anthropologie und Paläoanatomie (SAPM)

Botanische Staatsammlung München (BSM)

Mineralogische Staatssammlung München (MSM)

Bayerische Staatsammlung für Paläontologie und Geologie (BSPG)

Zoologische Staatsammlung München (ZSM)

Geologisches Museum München (GMM)

Museum Mensch und Natur (MMN)

Museum Reich der Kristalle (MRK)

Paläontologisches Museum München (PMM)

Jura Museum Eichstätt (JME)

Naturkunde-Museum Bamberg (NKMB)

Rieskrater-Museum Nördlingen (RKM)

Urwelt-Museum Oberfranken (UMO)

Botanischer Garten München-Nymphenburg (BGM)

IT Zentrum der Staatlichen Naturwissenschaftlichen Sammlungen Bayerns