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Die Generaldirektion und Zentralverwaltung der Staatlichen Naturwissenschaftlichen Sammlungen Bayerns verwaltet folgende Institutionen:

Bayerische Staatsammlung für Paläontologie und Geologie (BSPG)

Botanischer Garten München-Nymphenburg (BGM)

Botanische Staatsammlung München (BSM)

Geologisches Museum München (GMM)

Jura Museum Eichstätt (JME)

Mineralogische Staatssammlung München (MSM)

Museum Mensch und Natur (MMN)

Museum Reich der Kristalle (MRK)

Naturkunde-Museum Bamberg (NKMB)

Paläontologisches Museum München (PMM)

Rieskrater-Museum Nördlingen (RKM)

Staatssammlung für Anthropologie und Paläoanatomie (SAPM)

Urwelt-Museum Oberfranken (UMO)

Zoologische Staatsammlung München (ZSM)

sowie

IT Zentrum der Staatlichen Naturwissenschaftlichen Sammlungen Bayerns